Donja Amirpur forscht zu Migration und Bildung im Kontext von Inklusion und Intersektionalität an den Schnittstellen von Migration und Behinderung sowie zu den Erscheinungsformen des antimuslimischen Rassismus im Bildungsbereich. Sie ist Trägerin des Wissenschaftspreises für interkulturelle Studien der Universität und Stadt Augsburg 2016.