Alois Prinz wurde 1958 in Wurmannsquick geboren, einem Ort in Niederbayern. Dort ist er auch aufgewachsen zusammen mit seinen sechs Geschwistern. Nach dem Abitur ging er nach München, um dort Germanistik, Politologie, Philosophie und Kommunikationswissenschaften zu studieren. Parallel dazu absolvierte er eine journalistische Ausbildung und promovierte 1988 mit einer Arbeit über die 68er Studentenbewegung und ihren Einfluss auf die Literatur. Bis 1994 arbeitete er als freier Journalist und verfasste wissenschaftliche Texte. Alois Prinz lebt mit seiner Familie in einem kleinen Ort südlich von München.
Mittlerweile konzentriert er sich auf das Schreiben von Büchern - wobei sein Schwerpunkt auf Biografien liegt, die sich an Jugendliche und Erwachsene wenden. 2001 erhielt er für seine Hannah Arendt-Biografie den Evangelischen Buchpreis. Ebenfalls 2001 wurde seine Hesse-Biografie für den Deutschen Jugendliteraturpreis nominiert. Im Jahre 2004 erhielt seine viel besprochene Biografie »Lieber wütend als traurig. Die Lebensgeschichte der Ulrike Meinhof« den Deutschen Jugendliteraturpreis. Neben diesen Werken erschienen bei Beltz & Gelberg seine Biografie über Georg Forster, Franz Kafka, Paulus, Rebellische Söhne (Über Bernward Vesper, Hermann Hesse, Klaus Mann, Franz Kafka, Martin Luther, Franz von Assisi, Michael Ende und ihre Väter) Joseph Goebbels und zuletzt über Milena Jesenská.
Alois Prinz wurde für sein Gesamtwerk mit dem Großen Preis der Deutschen Akademie für Kinder- und Jugendliteratur 2017 ausgezeichnet. Der mit 5.000 Euro dotierte Preis wird seit 1976 jährlich vergeben. In der Begründung der Akademie heißt es: »Eindringlich und klug erzählt Prinz über Menschen und darüber, wie Menschenleben verlaufen können, auf Basis historisch-kritischer Recherchen sowie eines reflektierten Umgangs mit Quellenmaterialien. Seine Vorliebe für die theologische und philosophische Annäherung an die sichtbare Welt bleibt spürbar.«
2023 erhielt Alois Prinz für sein Gesamtwerk den Sonderpreis des Deutschen Jugendliteraturpreises.
»Die Lebensgeschichten, die Alois Prinz schreibt, sind so leidenschaftlich recherchiert, so sorgfältig aufgebaut und gut geschrieben.« Tages Anzeiger, Zürich
»Alois Prinz ist der begnadete Biograf von Hannah Arendt, Franz Kafka und Ulrike Meinhof ... Prinz ist der Beste.« taz